Rozporządzenie Rady UE ustanawiające instrument SAFE wskazuje, że jego wdrażanie powinno się odbywać zgodnie z rozporządzeniem w sprawie systemu warunkowości (pkt 35). Oznacza to możliwość zawieszenia płatności w przypadku naruszenia zasad państwa prawa, mających bezpośredni wpływ na zarządzanie środkami unijnymi (art. 4 i 5).
Jeśli Komisja Europejska będzie chciała zawiesić wypłatę pożyczki, Polska będzie mogła podjąć środki zaradcze i odwołać się od tej decyzji (art. 5). Dodatkowo decyzję Komisji o wstrzymaniu wypłat musi wcześniej poprzeć Rada UE większością kwalifikowaną (art. 6).
O wstrzymaniu wypłaty środków z Krajowego Planu Odbudowy zdecydowano z innego powodu. Komisja zastrzegła wtedy, że rząd musi przed pierwszą wypłatą zrealizować trzy superkamienie milowe, m.in. związane z niezależnością sądownictwa. Dodatkowo KPO zakłada realizację przez Polskę reform i zmian w prawie, nazywanych kamieniami milowymi. Samo sformułowanie „kamienie milowe” pojawia się także w uzasadnieniu ustawy o SAFE, ale dotyczy jedynie oceny realizacji poszczególnych projektów (s. 19).
W przypadku pożyczek z programu SAFE nie jest wymagana realizacja przez Polskę żadnych reform przed wypłaceniem środków, a wstrzymanie wypłat nie zależy tylko od decyzji Komisji Europejskiej.